Бележки
- На 12 юни 2020 г. Черноморец (Балчик), 14-ти във Втора лига през изминалия сезон; се отказва от участие. Клубът се включва в Североизточна Трета лига.
- Суворово 1 (Суворово), 2-ри през изминалия сезон; се отказва от участие.
- Непосредствено преди началото на сезона Светкавица 2020 (Поройно), 10-ти в ОГ Силистра - изток през изминалия сезон; се обединява с Доростол Силистра (Силистра). Обединението обаче така и не е завършено легално или отразено нито в Търговския регистър, нито в регистъра на ММС до края на сезона.
- На 4 август 2020 г., четири дни преди началото на сезона във Втора лига и Елитна група (U-19), Дунав (Русе) отказва участие на отборите си и в двете групи, след като през същия ден е обявена и смяна на собствеността на клуба. На 5 август 2020 г. мъжкият отбор на клуба е включен в състава на Североизточна Трета лига на почиващата позиция в програмата като първия му мач е отложен. Тъй като при доброволно отказване на мъжки отбор от участие в първенството той трябва да бъде изваден в две нива по-долна група, за да е възможно участието му в Трета лига клубът и БФС постигат споразумение лицензът на Дунав за Втора лига да бъде оттеглен, което позволява включване в следващо по-долно ниво. Това решение, както и каквото и да е съобщение за оттеглянето на Дунав от Втора лига и Елитна група (U-19), обаче така и не е оповестено официално от БФС.
- На 13 август 2020 г. Бенковски (Бяла) се отказва от участие в Североизточна Трета лига. Отборът се включва в ОГ Русе.
- На 10 февруари 2021 г. Кубрат 2016 (Кубрат) се отказва от по-нататъшно участие. Резултатите му до този момент се зачитат, а на противниците му по програма до края се присъждат служебни победи с 3:0.
- През април 2019 г. Министерство на младежта и спорта създава регистър за спортните федерации и спортни клубове, развиващи дейност под тяхната егида. Вписването в този регистър е задължително условие за право на участие на всеки един клуб в официални състезания, организирани от съответната спортна федерация. За футболните клубове членове на БФС това изискване влиза в сила с началото на сезон 2020/21 г., а вписването им в регистъра започва през януари 2020 г. Към началото на сезона в групата следните участващи в нея клубове не са вписани в регистъра:
- Доростол-Светкавица (Силистра),
- Дунав (Русе) - регистриран на 21 май 2021 г.
Бележки
- Ювентус 95 (Малчика), 14-ти през изминалия сезон; се отказва от участие и се включва в "А" ОГ Плевен.
- На 28 юли 2020 г. Ком (Берковица), 10-ти през изминалия сезон; се отказва от участие и се включва в "А" ОГ Монтана.
- На 3 август 2020 г. Расово (Расово) се обединява с Поломие 2012 (Лом), развиващ само ДЮШ през изминалия сезон; в Левски 2020 (Лом).
- Етър ВТ II (Велико Търново) играе домакинските си мачове на ст."Трифон Иванов" във Велико Търново.
- През април 2019 г. Министерство на младежта и спорта създава регистър за спортните федерации и спортни клубове, развиващи дейност под тяхната егида. Вписването в този регистър е задължително условие за право на участие на всеки един клуб в официални състезания, организирани от съответната спортна федерация. За футболните клубове членове на БФС това изискване влиза в сила с началото на сезон 2020/21 г., а вписването им в регистъра започва през януари 2020 г. Към началото на сезона в групата следните участващи в нея клубове не са вписани в регистъра:
- Левски 2020 (Лом) - регистриран на 20 август 2020 г.
Бележки
- На 29 септември 2020 г., ДК на ЗС - София отнема 3 точки от актива на Кюстендил (Кюстендил) във връзка с изваждането на отбора юноши младша възраст на клуба от групата, в която се състезава.
- През април 2019 г. Министерство на младежта и спорта създава регистър за спортните федерации и спортни клубове, развиващи дейност под тяхната егида. Вписването в този регистър е задължително условие за право на участие на всеки един клуб в официални състезания, организирани от съответната спортна федерация. За футболните клубове членове на БФС това изискване влиза в сила с началото на сезон 2020/21 г., а вписването им в регистъра започва през януари 2020 г. Към началото на сезона в групата следните участващи в нея клубове не са вписани в регистъра:
- Балкан 1929 (Ботевград) - регистриран на 4 септември 2020 г.,
- Вихрен (Сандански) - регистриран на 11 август 2020 г.,
- Марек 1915 (Дупница) - регистриран на 11 август 2020 г.,
- Надежда (Доброславци) - регистриран на 13 август 2020 г.,
- Сливнишки герой (Сливница) - регистриран на 4 септември 2020 г.
Бележки
- Поморие (Поморие), 17-ти и изваден от Втора лига през изминалия сезон; не заявява участие за Югоизточна Трета лига.
- На 14 май 2020 г. Ботев (Гълъбово), 10-ти във Втора лига през изминалия сезон; се отказва от участие. Клубът не заявява участие и в Трета лига.
- На 14 юли 2020 г. АФК Хасково (Хасково) се обединява с Асти АБ (Хасково) в ОФК Хасково (Хасково).
- На 21 юли 2020 г. Миньор (Раднево), 6-ти; и Свиленград 1921 (Свиленград), 8-ми през изминалия сезон; се отказват от участие. Назначен е допълнителен бараж за попълване на групата до 18 отбора.
- Хасково (Хасково) играе домакинските си мачове на ст."Хасково" в Хасково.
- Верея (Стара Загора) играе домакинските си мачове на ст."Трейс арена" в кв.Кольо Ганчев, Стара Загора.
- Димитровград 1947 (Димитровград) играе домакинските си мачове на ст."Миньор" в Димитровград.
- Марица 1921 (Пловдив) играе домакинските си мачове на ст."Марица" в Пловдив.
- Спартак 1947 (Пловдив) играе домакинските си мачове на ст."Тодор Диев" в Пловдив.
- Черноморец 1919 (Бургас) играе домакинските си мачове на ст."Черноморец" в Бургас.
- Останалите отбори играят домакинските си мачове на стадионите на клубовете си.
- През април 2019 г. Министерство на младежта и спорта създава регистър за спортните федерации и спортни клубове, развиващи дейност под тяхната егида. Вписването в този регистър е задължително условие за право на участие на всеки един клуб в официални състезания, организирани от съответната спортна федерация. За футболните клубове членове на БФС това изискване влиза в сила с началото на сезон 2020/21 г., а вписването им в регистъра започва през януари 2020 г. Към началото на сезона в групата следните участващи в нея клубове не са вписани в регистъра:
- Извор (Горски извор) - регистриран на 11 август 2020 г.
